Ком­би­нат был создан в 1975–1989 гг. в целях вне­се­зон­но­го обес­пе­че­ния ово­ща­ми жите­лей г. Моск­вы. Перед стро­и­тель­ством было про­ве­де­но мас­штаб­ное агро­кли­ма­ти­че­ское иссле­до­ва­ние всей тер­ри­то­рии юга СССР и было выбра­но уни­каль­ное место, мак­си­маль­но под­хо­дя­щее для про­из­вод­ства ово­щей. Опти­маль­ные кли­ма­ти­че­ские усло­вия Кара­чае­во-Чер­ке­сии как нель­зя луч­ше под­хо­дят для выра­щи­ва­ния огур­цов и томатов

В нача­ле 2000‑х годов на агро­ком­би­на­те была про­ве­де­на ком­плекс­ная рекон­струк­ция всех бло­ков теп­лиц, вве­ден в экс­плу­а­та­цию рас­сад­ный ком­плекс, про­ве­де­ны рабо­ты по рекон­струк­ции котель­ной, постро­е­на авто­ном­ная котель­ная с бака­ми, акку­му­ля­то­ра­ми теп­ло­ты, тех­но­ло­ги­че­ским отбо­ром дву­оки­си угле­ро­да и соб­ствен­ный водозабор.

В 2017 году уве­ли­чи­лась пло­щадь рас­сад­но­го ком­плек­са с 3‑х до 6 гектаров.

На 132 га стек­лян­ных теп­лиц внед­рен капель­ный полив с климат-контролем.

В целях рас­ши­ре­ния про­из­вод­ствен­ных пло­ща­дей в октяб­ре 2020 года было созда­но обособ­лен­ное под­раз­де­ле­ние АО Агро­ком­би­нат «Южный» – Ростов­ское, состо­я­щее из 16,6 га теп­лиц чет­вер­то­го поколения.